Deși detractorii săi de modă mai veche sau mai nouă îl acuză pe Mihai Viteazul că ar fi fost doar un aventurier, mărturiile și faptele voievodului contrazic această teorie.

În politica sa de eliberare a românilor transilvăneni un rol important l-a avut Biserica. Conștient de faptul că era singura instituție a românilor din acea vreme, Mihai Viteazul a făcut tot ce i-a stat în putință pentru a întări Biserica ortodoxă din Ardeal.

Astfel, la 1595, când este obligat să semneze un tratat de supunere față de sigismund Bathory, Mihai reușește totuși să obțină o clauză importantă din partea domnitorului ardelean: aceea că "toate bisericile românești din țara Măriei Sale (lui Sigismund Craiul) vor fi supt judecata și depusul (sub iurisdictione vel dispositione) Mitropolitului din Târgoviște, după dreptul bisericesc și orânduiala țării aceleia (Țara Românească), și preoții își vor putea strânge veniturile lor îndatinate și obișnuite", după cum afirma Nicolae Iorga în lucrarea sa "Ștefan cel Mare, Mihai Viteazul și Mitropolia Ardealului".

Marele istoric afirmă că această concesie a fost de o importanță capitală pentru români, pentru că "nu mai era vorba acum de o episcopie ardeleană supusă Târgoviștei, ci de toate 'bisericile românești din țara Craiului' ".

Ioan de Prislop, numit încă din 1585 în scaunul Mitropolitan, va începe, cu binecuvâtarea și banii lui Mihai Bravu, construcția unei mânăstiri cu hramul Treimii Arhanghelilor. Aici va fi noua reședință a celui ce purta titlul, precum și Ghenadie, precedesorul său, de "Mitropolit a tot Ținutul Ardealului și Orăzii". Alba Iulia nu mai avusese, până atunci, nicio biserică ortodoxă, Mitropolitul având reședință într-o casă.

 

După eliberarea Ardealului, din 1599, Mihai Viteazul îl mută pe Ioan de Prislop în noua ctitorie și acesta luă titlul: "Arhiepiscop și Mitropolit al Bălgradului, Vadului, Silvașului, Făgărașului, Maramureșului și al episcopilor din Țara Ungurească iproci". Antica cetate a Albei Iulia revenea sub stăpânire românească după ce sute de ani aici nu stătuseră aici nici măcar episcopi români. Acum "fără a se goni Napragy, ajuns episcop unguresc fără credincioși, el ajunse centrul religios al Românilor supt Românul Mihai-Vodă", afirma Nicolae Iorga în lucrarea citată mai sus.

Povestea zidirii Bisericii Mitropolitane de la Alba Iulia se întemeiază pe o minune. Evenimentul a fost marcat de către Letopisețul Domniei lui Mihai Viteazul. Din păcate, până în zilele noastre se păstrează doar cronica până la anul 1597, dar Petru Movilă, fiu de domnitor român, a citit și partea care s-a pierdut, cea care conține istoria întemeierii Mitropoliei din Alba Iulia.  La 1627, viitorul Mitropolit al Kievului lasă posterității rândurile care se referă la întemeierea Mitropoliei românești. Textul a fost preluat din manuscriptul aflat la Lavra Pecersca din Kiev și tradus de I. Bogdan, fiind publicat de Nicolae Iorga în lucrarea: "Ștefan cel Mare, Mihai Viteazu și Mitropolia Ardealului".

Redăm doar câteva fragmente:

 

În dispute este osteneală fără de capăt, dar noi, fără înfruntări de vorbe, putem uşor să dovedim cu ajutorul lui Dumnezeu. Haideţi, zice, în mijlocul oraşului şi acolo să ni se aducă apă curată, iar arhiereul meu şi preoţii săi o vor sfinţi în văzul tuturor. Tot aşa vor face şi ai voştri, deosebit, şi, sfinţind-o, o vom pune în biserica voastră cea mare, în vase osebite, pe care le vom astupa şi le vom pecetlui cu peceţile noastre, pecetluind şi uşa bisericii pentru 40 de zile. Şi a cui apă va rămâne nestricată, ca şi cum de-abia ar fi fost scoasă din izvor, credinţa aceluia este dreaptă, iar dacă apa cuiva se va strica, credinţa lui este rea. Dacă apa mea va rămâne nestricată, cum nădăjduiesc că mă va ajuta Dumnezeu, voi n-o să vă mai împotriviţi şi o să-mi îngăduiţi să zidesc biserica, iar dacă nu, facă-se voia voastră, n-am s-o zidesc”. Ei au strigat cu toţii într-un glas: "Bine, bine, să fie aşa!”. 

[..] După 25 de zile, din îndemnul dumnezeesc, a venit la el episcopul și a zis: 'Doamne, chiamă pe latini și pe preoții lor, și nu aștepta ziua statornicită a patruzecea: să mergem la biserică și despecetluind să deschidem ușile și vei vedea darul lui Dumnezeu, cum adevărații robi ai lui, cei ce se încred cu adevărat în el, nu se vor rușina'. Iar Domnul chemându-i pe toți, după sfatul episcopului, merse la biserică și deschizând ușile, au intrat toți și întâiu episcopul pravoslavnic plecând genunchii și cu lăcrimi s-a rugat lui Dumnezeu [...] și despecetluind vasul, în care era apa sfințită și, uitându-se la apă, a găsit-o mai curată și mai luminoasă decât era înainte și având mirosul ei bun de la început, ca și cum ar fi fost luată dintr'un izvor ce curge, a strigat zicând: 'Mărire ție, Dumnezeul nostru, mărire ție, cel ce preamărești Biserica ta'. Și către toți a zis: 'Veniți și vedeți cum atâtea zile a stătut apa aceasta și prin darul Sf.Duh a rămas nestricată, și încredințați-vă că adevărată este credința noastră pravoslavnică'.

 

Latinii de asemenea, rugându-se și făcând slujbă după obiceiul lor, au despecetluit vasul, în care se afla apa lor, și, îndată ce au deschis, toată biserica s-a umplut de  miros rău, încât s-au speriat toți latinii și cu mirare au strigat: 'Adevărată este legea grecească pe care o ține Domnul:să-și zidească biserică de legea lui în cetatea noastră, căci s-a mâniat Dumnezeu asupra noastră, fiind-că l-am oprit la aceasta, și s-a stricat apa noastră'. [...] Şi cu jurământ s-au învoit toţi locuitorii Ardealului să se zidească biserica,care niciodată să nu se risipească. Şi îndată a început domnul a zidi (dar nu în cetate, ca nu cumva cu schimbarea vremilor să o risipească, ci în marginea oraşului lângă zidul cetăţii, într-un loc frumos) şi zidind-o a sfinţit-o, şi episcopia a mutat-o acolo (căci înainte trăiau în alt loc episcopii) unde până astăzi este cu ajutorul lui Dumnezeu şi a aşezat acolo pe cel dintâi episcop de la Bălgrad, Ioan, bărbat smerit şi sfânt, care trăind acolo cu sfinţenie s-a învrednicit a primi şi cu darul facerii de minuni.”